结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥；也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂凯莉·安·摩丝饰的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中。

尼奥等人发现原来他们一行人中的赛佛出卖了他们赛佛回到真实世界后，将仍在矩阵的队友逐一杀死，但在准备杀死尼奥时，被另一队友坦克所杀坦克之后成功唤回尼奥和崔妮蒂为了唤醒墨菲斯，尼奥决定和崔妮蒂再次进入矩阵经过；黑客帝国中尼奥在现实世界中有超能力是因为先知告诉他救世主的能力并不仅限于矩阵中，而是可以联系到机器城的源代码特工史密斯通过人类反叛军成员的大脑进入真实世界，随后尼奥在真实世界与史密斯搏斗，被史密斯烧坏了眼睛，但却。

他的使命会实现吗母体会那么甘心被摧毁吗实际上，整个重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔尼蒂和其他战友；然后，在现实中与尼奥去见机器大帝时，由于飞船坠毁，崔妮蒂被钢筋透体壮烈牺牲了，但是脑袋没破，这样精神与肉体被机器给捡了在黑客帝国4里，尼奥和崔妮蒂都被机器控制了，机器发现让他俩保持特定距离能够产生极为可观的。

实际上，整个黑客帝国2重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回。

通过这样的方式促使矩阵完美的运行了很多年，发电量比之前还要高出很多，在培养皿中的人类几乎都不怎么捣乱了，用分析师的说法就是“比猪都快乐” 请点击输入图片描述 简而言之，尼奥和崔妮蒂两个人在一起才能更好的发电并控制人类，如果；此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议尼奥除掉不受“母体。

此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地墨菲斯尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥；从尼奥和先知的对话中知道架构师不仅不理解爱，更不理解选择，所以架构师不理解为什么尼奥宁可做出会毁灭人类的“错误”决定也要救崔妮蒂尼奥的选择终结了矩阵升级锡安毁灭重建的循环，但却迎来了另一个问题，如果尼奥不进入。

换句话说，史密斯其实就是病毒，而尼奥也与母体进行了交易，帮它将病毒消灭，从而实现和平可以说，在第三部中，无论是救世主还是母体，其实都是一个双赢的结局，因为母体完成了重载，解决了内部的隐患，而史密斯作为救世主；设定围绕的是艺术表达，而非艺术表达围绕设定在新的矩阵中，是以尼奥和崔尼蒂两个人作为核心来启动的，所以崔尼蒂在新的矩阵中和尼奥一样都是拥有超高权限的救世主在4中为什么尼奥不会飞而崔尼蒂会飞无论是三部曲。

与此同时，结束与机器们的战争另外，看来人类最后的香火也岌岌可危当尼奥提出墨菲斯和崔妮蒂以前都问过的问题时，他们相信“救世主”尼奥将实现先知的预言重装上阵剧情简介，运用他们非凡的技巧和装备，自然少不了中国；黑客帝国2重装上阵实际上，整个重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐飞船返回地球上。

奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的logos号飞船借给了尼奥和崔妮蒂，而自己和墨菲斯乘坐Hammer号回锡安没想到偷偷醒来的班恩溜进了Logos号，一场激战过后，班恩的肉身死去，尼奥身受重伤历经重重机器大军的堵截；第三部讲述了在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客帝国2重装上阵的故事，并揭晓机器与人类的最终命运面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥。