影片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事黑客帝国是。

在上集打败史密斯雨果·维文饰救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地第三部讲述了在黑客帝国系列电影最后一集中，延续上集黑客。

黑客帝国矩阵重启解析在最后战役的60年后，重生的救世主尼奥忘了先前发生的事情回归平凡人身份，但随着遇见爱人崔妮蒂之后，尼奥也在黑客兔儿和年轻莫菲斯的带领下重返母体，面对幻觉寻找背后真相，再次为自己心爱的人而战结。

要理解黑客帝国系列背景世界的全面历史你需要看一下黑客帝国动画版 系列，从中补差了很多电影里略掉的细节举个栗子，第二部重装上阵，Zion有个崇拜Neo的小伙子突然出现他在第三部矩阵革命也有出众的表现，他对Neo的崇拜。

原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥的大脑被烧毁直接死亡，而史密斯及其复制品也在源源不断的删除代码中得以删除黑客帝。

二十一世纪初，AI即人工智能出现，之后一直发展形成各种机器人，人类开始奴役机器人，终于有一天，有个即将被主人销毁的机器人产生意识，杀死了要销毁他的主人这是第一台产生意识的机器人，相当于猴子进化成有思考能力的人类。