而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯劳伦斯·菲什伯恩饰， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂凯莉·安·摩丝饰的指引下，两人见面了尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实。

史密斯感染先知的场景很明显，先知变成的史密斯强于其他史密斯显然的一点就是在打群架的过程中主角暴打史密斯，但和最后一个史密斯实力相当因此最后出现的史密斯就是先知被感染后变成的在史密斯被消灭此时史密斯不是个体或。

的稳定在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯于是，“母体”又面临着一次翻天覆地的“重载”。

实际上，整个黑客帝国2重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回。

后者再度陷入到“母体”中墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母体”和守护天使一起寻找他最后，在和机器的谈判中，机器答应为了人类和机器的共同利益，尼奥去消灭史密斯，而机器不再摧毁锡安人类迎来新的和平。

影片讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事黑客帝国是。

黑客帝国2重装上阵实际上，整个重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐飞船返回地球上。

结局尼奥和史密斯全都死了，而整个系统也彻底崩溃了，只能让设计师重新开发新的系统原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥。