尼奥在地铁站昏迷，把印度女孩萨蒂引出来，与此同时，崔尼蒂等人找到梅洛文加，逼他释放尼奥，再次用爱救他穆罕默德对尼奥说，现在只有他才能拯救真实的虚拟世界，而史密斯则与尼奥相反，他和来袭的史密斯侵入了先知Sieman。

在黑客帝国的背景里，我们现在生活的世界是虚拟的，是机器人制造的幻象而尼奥是预言中的救世主，但是他仍然生活在现今的幻象中，想要看清真实的世界就要重新改造，于是我们的尼奥就在培养液里醒啦，醒了之后看到的是真实的。

因为尼奥在和史密斯最后的决战中，成功的复制了史密斯的代码，然后进行了删除，因此成功的结束了战争在黑客帝国3中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲尼奥进入机器城市后，与身为机器。

为了唤醒墨菲斯，尼奥决定和崔妮蒂再次进入矩阵经过激烈的搏斗之后，他们终于成功救出墨菲斯虽然莫菲斯和崔妮蒂成功回到真实世界，尼奥却被特工史密斯杀死此时真实世界中的崔妮蒂深深的吻了他，尼奥随即复活，并具备了救世主。

黑客帝国剧情简介在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥基努·里维斯饰发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯劳伦斯·菲什伯恩饰。

The One，莫非斯对此深信不疑，他找到了他认为就是救世主的那个人尼奥Neo，于是第一集的真正主角登场了，那么如同所有故事片一样，有了正面人物就必须要有反面人物，第一集的反面人物就是 Matrix 中维持秩序的特工Agent，他们。

这就是为什么尼奥在“现实世界”中，赤手空拳也能够使机器乌贼瘫痪的原因，他在“现实世界”中和在虚拟的“黑客帝国”网络中，都拥有强大的力量，因此其实像史密斯之流，实质上根本就不是尼奥的对手尼奥在黑客帝国第三。