之后尼奥在电脑程序中接受各种武打训练，之后和墨菲斯等人再次透过连接器进入矩阵拜访先知，先知是矩阵中一个愿意帮助人类的程序，拥有预知未来的能力先知告诉他他将在自己和墨菲斯两个人中选择一个能活下来的人在返回真实。

黑客帝国里，NEO尼奥不教其他人超能力只教会了他们胆大妄为，是因为尼奥只拥有较高的权限，并没有超能力，而且这种权限只能被赋予，而不能赋予别人尼奥手撕乌贼，是因为拥有“删除”这种权限，而不是乌贼被设定为不能。

在虚拟世界里，所有的人都是一段数据，数据在现实世界中就是一段电流而现实世界中的机器人，也是靠智能程序来控制，和电脑一样，也是靠电流的，所以当LEO瞎眼后，他的感知能力完全来自他对电流的控制能力，所以他看见的全。

这也是母体安排的吧，而尼奥是唯一感觉到锡安也是虚幻世界的人吧但是他最后还是救了锡安的人，这是为什么，他的本体又在哪里呢真实的世界有是什么样子呢黑客帝国这么拍的话，可以拍一个连续剧我估计。

The One，莫非斯对此深信不疑，他找到了他认为就是救世主的那个人尼奥Neo，于是第一集的真正主角登场了，那么如同所有故事片一样，有了正面人物就必须要有反面人物，第一集的反面人物就是 Matrix 中维持秩序的特工Agent，他们。

其剧情简介如下黑客帝国在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥基努·里维斯饰发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯劳伦斯·菲什。