在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮。

尼奥选择让史密斯感染自己，在复制过程中矩阵掌握了史密斯的代码，最后才得以将他们两个同时删除，使矩阵回到了平衡 关于Matrix Matrix是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内。

在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起3黑客帝国3矩阵革命梗。