尼奥从人类代码到救世主代码的释放，导致了史密斯程序的变异，也最终导致机器要将其删除和其脱离矩阵的控制但是史密斯可以复制自己，他复制了上万甚至上百万个自己，所以机器矩阵无法定位他，也无法摧毁他如果尼奥在矩阵中被。

史密斯相当于电脑中的防病毒软件当然，杀毒软件功能强大但由于没有主角的光环，他最终输了主角是一种非常强大的计算机病毒，它的威力如此之大，以至于他有权触摸计算机的底层代码，甚至连史密斯都没有最后，由于史密斯。

深入机器城市，与机器进行谈判当时，尼俄柏知道她必须帮助尼奥，于是把自己的逻各斯舰交给尼崔二人，让他们去尝试改变锡安之前的轮回但是此时，受史密斯附体的拜恩杀死了照顾他的医生并潜伏在逻各斯舰上。

的稳定在返回锡安的途中，飞船遭到电子乌贼的突袭，崔妮蒂死了，重伤的尼奥被带到机器城市01在和机器的谈判中，尼奥答应为了人类和机器的共同利益，去消灭史密斯于是，“母体”又面临着一次翻天覆地的“重载”。