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面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一。

黑客帝国讲述一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵的征途剧情简介在矩阵中生活的。

在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起3黑客帝国3矩阵革命梗。