尼奥在眼睛瞎了以后是可以看到付在贝恩身上的史密斯的，而不是贝恩先知最终揭示了史密斯的真正的由来，是建筑师建立平衡机制的一个产物，是尼奥的负面这也解释了史密斯越来越强大甚至超过母体控制的原因，正因为尼奥的发展。

是“矩阵之母”在电影中，机器帝国集结了乌贼大军攻打真实世界仅存的人类城市锡安城Zion，锡安城内的人类拼死抵抗，但最后仍是兵败如山倒而电脑人史密斯Agent Smith进化成为更高等的电脑病毒，几乎占领了整个矩阵。

1在黑客帝国1中，史密斯杀死了尼奥，然后尼奥杀死了史密斯，在这里出现了逻辑错误史密斯不可能被已经死了的尼奥杀死，电脑无法修复这个错误，导致史密斯无法被杀死只有尼奥再次被杀死，逻辑错误才解除，电脑才能删除史密斯。

3黑客帝国3矩阵革命梗概影片片承接第二集的故事，一场为寻找自由的的漫长惊世战争正式展开锡安的人们面临母体机械大军的入侵，人类也赌上所有武力，发动最大攻势，将整场战役由地面延伸到母体的天空，此外，救世主。

从开头开始依次出现的势力有1 主基地在Zion的人类联盟包括原生人类和苏醒的机械造人类2 Matrix的中立程式 包括母体发电厂管理程式 印度人一家3 先知势力 以破坏平衡方程为目的的亲人类母体程式，另包括守护。