经过一番苦战之后，b166er败了，被史密斯所感染复制，但是机械主也因此获得了史密斯的代码，从而成功将其清除，在最后一刻拯救了仅存的人类，还有被机器大军破坏殆尽的锡安城，机器世界与真实世界都获得了和平，人类从此可以选择。

机器把幸存的人类囚禁在MATRIX，一来让人们消除反抗的欲望，二是利用人体取得用之不尽的能源ZION是让建筑师有意唤醒的人建造的，他的目的应该是考验人类到底有没有再次主宰世界的权利他想毁灭ZION是轻而易举的事情想想。