第二集的结尾是尼奥在现实的人类世界中他们的飞船没电了，后面有机器乌贼在追他们，尼奥感觉自己在现实世界中能用意念来摧毁机器乌贼，在同时摧毁了三个乌贼的时候，尼奥突然晕了过去，回到飞船后，检测出他现在生理状态跟进入了；平时因为肉眼的存在，他看不到史密斯的金色代码，但当史密斯弄瞎了他的肉眼，尼奥只能靠feeling来察觉外界时，和source同源的一切就一目了然了其实从剧情来说，如果Zion是“真实”的，根本无法解释它是如何形成的剧中人类；尼奥能停止那些电子章鱼，是尼奥领悟了第二个虚拟世界的代码的缘故，这也就解释了为什么第三部中尼奥眼睛瞎了，依然能感知事物从头到尾，人类都被机器控制着，尼奥他们所奋斗的所谓现实世界，其实是机器为了防止那些将要觉醒。

因为尼奥在和史密斯最后的决战中，成功的复制了史密斯的代码，然后进行了删除，因此成功的结束了战争在黑客帝国3中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲尼奥进入机器城市后，与身为机器；是“矩阵之母”在电影中，机器帝国集结了乌贼大军攻打真实世界仅存的人类城市锡安城Zion，锡安城内的人类拼死抵抗，但最后仍是兵败如山倒而电脑人史密斯Agent Smith进化成为更高等的电脑病毒，几乎占领了整个矩阵；有评论说锡安也就是所谓”真实世界“也是一个虚拟的世界，所以尼奥这种能力在锡安同样能存在 一句就是他能阻止机械章鱼，能预测未来，能看到你说的那个火，史密斯能入侵人脑在母体中他就经常占用人脑，在他还是特工；但这个被人们当作“尼欧”的人从未知道他所生活的世界其实是个幻境，难道他真的是尼欧么请各位坐好，欢迎来到真实世界在黑客帝国三部曲的第二部中，由于蔡恩城Zion被机器人军队所包围沦陷，尼奥Neo，基努。

线索5尼奥眼睛瞎了，这个隐喻是什么含义？这其实是他获救和获得力量的一个必要前提，这究竟是为什么？ 线索6尼奥最后究竟是怎么，战败史密斯的？或，究竟是怎么拯救自己并获得觉醒的？确实， 黑客帝国把一个人觉醒的全部必经步骤都说得一；尼奥在眼睛瞎了以后是可以看到付在贝恩身上的史密斯的，而不是贝恩先知最终揭示了史密斯的真正的由来，是建筑师建立平衡机制的一个产物，是尼奥的负面这也解释了史密斯越来越强大甚至超过母体控制的原因，正因为尼奥的发展。

但是依然是虚拟世界，那些人也依然是沉睡中的，其实现实世界从头至尾都没出现尼奥能停止那些电子章鱼，是尼奥领悟了第二个虚拟世界的代码的缘故，这也就解释了为什么第三部中尼奥眼睛瞎了，依然能感知事物黑客帝国影片评价。